Penjelasan PP Nomor 31 Tahun 2013 menerangkan bahwa peraturan ini dibentuk untuk melaksanakan sejumlah amanat dalam UU Nomor 6 Tahun 2011 tentang Keimigrasian. Berbagai ketentuan pelaksanaan dihimpun dalam satu peraturan agar lebih efisien, terintegrasi, dan mudah dipahami. Cakupannya meliputi lalu lintas orang, dokumen perjalanan, visa, izin tinggal, pengawasan dan intelijen keimigrasian, detensi, penanganan korban perdagangan orang dan penyelundupan manusia, pencegahan dan penangkalan, serta penyidikan keimigrasian.
Pengaturan masuk dan keluar wilayah Indonesia mencakup penumpang, awak alat angkut, dan alat angkut itu sendiri. Warga negara Indonesia tidak dapat ditolak masuk sepanjang dapat membuktikan kewarganegaraannya. Bagi orang asing, Tanda Masuk tidak hanya menjadi bukti bahwa yang bersangkutan diizinkan masuk, tetapi juga berfungsi sebagai izin tinggal sesuai visa yang dimiliki. Namun, kepemilikan visa tidak otomatis menjamin pemberian Tanda Masuk karena keputusan akhir tetap berada pada Pejabat Imigrasi setelah pemeriksaan di TPI.
Visa kunjungan dan visa tinggal terbatas dapat diajukan dan diberikan melalui Perwakilan Republik Indonesia atau dalam keadaan tertentu saat kedatangan di TPI. Sementara itu, visa diplomatik dan visa dinas hanya diberikan melalui Perwakilan Republik Indonesia. Izin tinggal dapat diberikan oleh Pejabat Imigrasi di TPI, Kantor Imigrasi, atau Kementerian Luar Negeri sesuai jenis dan tujuan keberadaan orang asing. Izin tinggal yang diberikan di TPI melekat secara fungsional pada Tanda Masuk, sedangkan perpanjangan, pemberian izin tinggal tetap, dan alih status diproses melalui Kantor Imigrasi.
Dokumen Perjalanan Republik Indonesia berupa paspor dan Surat Perjalanan Laksana Paspor berfungsi sebagai dokumen perjalanan, bukti identitas, dan bukti kewarganegaraan Indonesia ketika pemegangnya berada di luar negeri. Oleh karena itu, diperlukan standardisasi blanko yang mencakup bentuk, ukuran, desain, isi, dan unsur pengamanan. Penjelasan ini juga mengatur fasilitas keimigrasian bagi anak berkewarganegaraan ganda melalui affidavit serta kewajiban menggunakan paspor yang sama ketika keluar dan masuk kembali ke wilayah Indonesia.
Pengawasan keimigrasian dilakukan secara administratif dan lapangan serta dapat dikoordinasikan dengan instansi lain melalui Sistem Informasi Manajemen Keimigrasian. Pencegahan dan penangkalan digunakan untuk menjaga keamanan, ketertiban, dan kepentingan negara dengan tetap memperhatikan kepastian hukum. Orang asing yang melanggar ketentuan, menunggu deportasi, atau ditolak masuk dapat ditempatkan di Rumah Detensi atau Ruang Detensi Imigrasi. Sementara itu, penyidikan tindak pidana keimigrasian dilaksanakan oleh PPNS Keimigrasian berdasarkan hukum acara pidana dan administrasi penyidikan yang berlaku.